Sept ans se sont écoulés depuis la défaite de Nemesis et le retour à la normale dans le monde du Beyblade. Dans son village natal, le jeune Blader Zyro Kurogane est encore invaincu. Il décide de partir pour un voyage initiatique afin de parfaire ses talents. Lorsqu’il arrive en ville, il défie le champion local...

Zyro commence l’entraînement spécial concocté par Benkei. Il s’agit de différents exercices physiques épuisants et Zyro demande à son nouveau mentor quand il pourra enfin s’entraîner avec sa toupie. Benkei lui répond qu’il n’est pas encore prêt mais le jeune Blader n’est pas de cet avis et se rend au bey parc pour disputer un match...

Zyro s’entraîne dur pour avoir une chance de vaincre son plus grand rival, Shinobu. Mais ce dernier refuse de l’affronter, prétextant que ce serait une perte de temps. Benkei aide son nouveau protégé en organisant un tournoi d’une journée avec l’appui de l’A.M.B.B. ...

Zyro et Shinobu décident de s’entraîner ensemble. Benkei et Maru les emmènent camper dans les bois pour une séance d’entraînement intense. Lorsqu’ils reviennent en ville, Eight Unabara les attend avec un message de son frère, Kite. Kite défie Zyro et celui-ci accepte de l’affronter...

Maru emmène Zyro et Shinobu dans les locaux de l’A.M.B.B. afin de les présenter à Madoka et Tsubasa. Les deux Bladers n’en reviennent pas et sont béats d’admiration devant le légendaire Blader. Ils ne sont pas au bout de leur surprise car celui-ci leur demande d’adopter le système synchrome, un nouveau mode d’affrontement qui accompagnera la nouvelle ère du Beyblade. Shinobu est réticent...

Benkei n’entraîne plus seulement Zyro et Shinobu, Kite et Eight les ont rejoints. Ren arrive et déclare qu’elle veut participer elle aussi. Le groupe commence à s’entraîner mais Benkei doit partir pour s’occuper de son restaurant. Un peu plus tard, Ren, Maru et Zyro servent les clients au fast-food. Ren trouve les clés du bey parc et les vole pour aller s’entraîner...

Zyro et les autres partent au bord de la mer et commencent à profiter de leurs vacances mais Benkei leur demande de s’entraîner. Madoka n’est pas de cet avis et persuade les Bladers qu’ils feraient mieux de se détendre et s’amuser. Les habitants de la région leur expliquent que si la plage est déserte, c’est parce que d’après la rumeur, un monstre marin hante les lieux...

Tsubasa, le président de l’A.M.B.B., demande à Zyro et aux autres protégés de Benkei de parcourir le pays pour montrer aux autres Bladers les attraits du stadium cyclone. L’événement tourne court lorsqu’un Blader du nom de Sakyo interrompt un match entre Kite et Eight...

Akuya Onizaki et son Archer Gargoyle défient Zyro Kurogane son Samouraï Ifrit sur un stadium cyclone. Les complices d’Akuya le rejoignent dans la bataille et affrontent tous Zyro et Ifrit en même temps...

Un Blader immense du nom de Yoshio Iwayama arrive en ville et sème la panique en multipliant les techniques de Beyblade ultra violentes avec sa toupie, Bandit Golem. Il veut affronter Kite Unabara pour prouver que sa toupie est la plus forte des toupies défensives...

Zyro veut à tout prix se venger de sa défaite contre Yoshio. Ren et Shinobu l’aident à s’entraîner. Pendant ce temps, Kikura arrive en ville et perd contre Takanosuke. Ce dernier affronte alors Kite Unabara et sa toupie synchrome Orochi Leviathan...

Avec son bandit Golem, Yoshio affronte Akuya et ses complices et remporte la victoire. Zyro arrive et défie Yoshio à son tour. À l’aide de son Samouraï Ifrit, il expédie Bandit Golem hors du stadium. C’est alors qu’apparaît un Blader dénommé Kira et Shinobu décide de l’affronter...

Zyro s’entraîne pour la bataille synchrome qui doit l’opposer à Kira et Kite lui lance un défi. Salamander Ifrit l’emporte contre Orochi Leviathan et Zyro et ses amis se dirigent vers un endroit reculé pour affronter Kira. Ils découvrent que la confrontation aura lieu dans un étrange stadium...

Tsubasa annonce à Zyro et ses amis qu’il y aura bientôt un tournoi national de Beyblade, la Neo ultime Bataille, mais les membres de la DNA interrompent la réunion. Leur chef, Argo Garcia, révèle au Bladers de l’AMBB l’ambition de sa mystérieuse organisation : devenir une force incontournable du Beyblade en prouvant sa force lors du tournoi national...

Le tour préliminaire de la Neo Ultime Bataille se déroule dans des stadiums cyclones disséminés aux quatre coins du pays. De nombreux matches opposent les Bladers de l’AMBB à ceux de la DNA. Dans certains cas, les Garcia ont ordonné à leurs compétiteurs de tout faire pour user les adversaires comme Zyro plutôt que de chercher la victoire...

C’est le deuxième tour de la Neo Ultime Bataille. Huit Bladers s’affrontent afin d’accéder aux demi-finales. Shinobu affronte Yoshio. Kira est face à Kite, Sakyo fait face à Captain Arrow et Zyro va devoir battre Takanosuke...

Les quatre derniers participants de la Neo Ultime Bataille s’entraînent d’arrache-pied pour les demi-finales. Pour la première rencontre, Sakyo et sa toupie Ronin Dragoon affronteront Zyro et sa toupie Samouraï Ifrit...

Shinobu affronte Kira en demi-finale de la Neo Ultime Bataille mais pour ce match, Kira abandonne son Behemoth pour une nouvelle toupie appelée Bahamoote. Ce changement met Shinobu en difficulté et malgré ses efforts...

Zyro Kurogane retrouve Kira Hayama en finale de la Neo Ultime Bataille. Kira et sa toupie Gladiator Bahamoote commencent très fort et le Samouraï Ifrit de Zyro est en difficulté. Mais Zyro se reprend. Il puise de l’énergie dans les liens qu’il a tissés avec ses amis et ses rivaux...

Trois mois après sa victoire à la Neo Ultime Bataille, Zyro s’entraîne avec ses amis pour le prochain tournoi mondial de Beyblade. Mais ils sont interrompus par l’arrivée de Yoshio, Baihu et d’autres Blader de la DNA qui attaquent les bey parcs partout dans le pays...

L’AMBB organise un tournoi pour désigner le remplaçant de l’équipe nationale japonaise lors du prochain tournoi mondial. La compétition commence mais ne dure pas longtemps. Kira et ses complices de la DNA arrivent et c’est contre eux que toutes les batailles se jouent....

Zyro et ses amis se lancent à l’assaut du QG de la DNA, pour découvrir si Gingka a be et bien rejoint le camp de leur ennemi. Ils rencontrent Karura, un blader qui prétend commander aux éléments naturels avec sa toupie...

Dans le QG de la DNA, Zyro et ses amis décident de se séparer mais découvrent que des combats à leur désavantage ont été préparés pour eux. Mais Zyro et les autres arrivent tout de même à surpasser leurs adversaires, grâce à l’arrivée surprise de Sakyo et Takanosuke...

Sakyo donne une leçon sur les toupies synchromesh à Yoshio, en s’unissant à Takanosuke pour vaincre Yoshio et son Behemoth Golem. Gingka, prisonnier, regarde Shinobu affronter Baihu dans un stadium-labyrinthe...

Zyro, Maru et Shinobu trouvent Gingka, retenu prisonnier par Doji. Kira défie Zyro : si Zyro gagne, Gingka sera libéré. Zyro accepte et combine sa toupie avec celle de Shinobu pour former une toupie Synchrome : Salamander Ifrit...

Kira et Zyro combattent Doji, sous les yeux de Ginkga, Shinobu et Maru. Zyro l’emporte sur Kira, mais les chocs du combat déséquilibrent le stadium et Kira se retrouve suspendu dans le vide, avec la main de Zyro pour le retenir. Yoshio sauve les deux jeunes gens, mais Doji se transforme en toupie et tente de détruire tout le monde. Zyro, Gingka et Kira (qui a rejoint le point de vue de Zyro, luttent ensemble pour vaincre Doji, mais ce dernier a programmé l’effondrement du bâtiment, et tous doivent s’enfuir...