Lorsque Kenta est contraint de participer à un combat Beyblade par quatre Chasseurs de Têtes et qu’il perd, Gingka entre en scène pour donner une leçon à ces voyous. Il gagne facilement contre les quatre Chasseurs de Têtes et leurs toupies. Le lendemain, les Chasseurs de Têtes sont de retour avec des renforts et leur chef Kyoya. Ils encerclent Gingka et le forcent à combattre à un contre cent...

Madoka, la nouvelle amie de Gingka est une technicienne experte en matière de Beyblade et elle travaille sur Pegasus. Pendant ce temps, les Chasseurs de Têtes volent la toupie de Kenta et refusent de la lui rendre si Gingka n’accepte pas de combattre Kyoya. Gingka accepte de relever le défi malgré les mises en garde de Madoka. Durant le combat, la toupie de Kyoya semble intouchable...

Kenta a peur que Gingka quitte la ville pour trouver des adversaires à sa hauteur. Il décide alors de le défier en duel. Entre-temps, Kyoya et ses chasseurs de tête sont emmenés dans un endroit rocheux par un personnage mystérieux, Doji. Doji défie Kyoya en duel...

Benkei est dévasté par la perte de son mentor Kyoya qui a été obligé de suivre Doji pour payer sa dette. Benkei est surpris de recevoir la visite de Doji qui lui présente une toupie puissante, Dark Bull. En retour, Doji veut que Benkei l’utilise pour vaincre Gingka. Benkei est d’accord et s’entraîne durement. Gingka et Benkei s’affrontent...

Gingka refuse de combattre un voyou obsédé par les crabes appelé Tetsuya Watarigani mais lorsqu’il révèle qu’il détient Madoka et qu’il ne la relâchera qu’une fois le combat gagné par Gingka, ce dernier n’a plus le choix. Un combat animé s’en suit...

Les chasseurs de tête rencontrent Hikaru Hasama qui a juré à sa mère, il y a bien longtemps, qu’elle deviendrait le meilleur blader du monde. Elle sait qu’elle doit battre Gingka et va le défier en duel via Benkei. Gingka est alité avec un rhume et Madoka le force à se reposer avant qu’il ne reparte mener des duels. Kenta est décidé à trouver son coup spécial. Sachant que Gingka est incapable de se battre, Kenta se fait passer pour lui et affronte Hikaru...

Benkei entraîne Kenta pour que le jeune blader puisse affronter à nouveau et vaincre Hikaru Hasama. Madoka donne à Kenta un boulon en métal pour qu’il l’ajoute à sa toupie Sagittario et lui annonce que ça l’aidera à créer son coup spécial. Pendant ce temps, Hikaru découvre que Kenta s’étant fait passer pour Gingka lors de leur duel, elle n’a pas vaincu le vrai Gingka. Elle exige un duel avec le véritable Gingka...

Pour prouver son empressement à battre Gingka, Doji envoie Kyoya dans le Wolf Canyon où il devra escalader une montagne et combattre des loups sauvages. Entre-temps, les amis de Kenta supplient Benkei de les entraîner eux aussi...

Lorsque Kyoya revient de Wolf Canyon, il démantèle le groupe des Chasseurs de Têtes et affronte Benkei dans un combat qui s’avère particulièrement destructeur. Kenta arrive pour aider Benkei, mais sans résultat. Les attaques de Kyoya sont tellement intenses que l’entrepôt lui-même est détruit...

Kenta porte Benkei jusqu’au B-Pit. Benkei est très mal en point. Il demande à Gingka de montrer à Kyoya ce que le beyblade veut vraiment dire. Gingka le lui promet au moment où Benkei commence à ronfler. Gingka rencontre Kyoya et le duel commence...

Doji arrive pour boire à la santé de la victoire de Gingka. Mais Gingka n'a pas le temps d'apprécier ses félicitations. Doji lance Dark Wolf et humilie Kyoya lors d'un duel. Benkei rejoint Kenta, Gingka et Madoka pour les aider à trouver le quartier général de Doji et pour détruire sa toupie interdite

L-Drago...

Nos amis se sont introduits dans le complexe de la nébuleuse Noire. Doji les informe qu’il les attend au dernier étage. Mais, pour rejoindre ce dernier étage, ils doivent franchir toutes sortes d'obstacles, affronter de dangereux bladers et différents dispositifs de défense et d’agression...

A l’intérieur du château de la Nébuleuse noire, Gingka est face à face avec son vieil ennemi… Ryuga qui possède la Toupie Interdite, L-Drago. Gingka révèle que Ryuga est la seule personne au monde qu’il ne pardonnera jamais. Un combat s’ensuit entre les 2 adversaires...

Kenta confronte Gingka et Gingka finit par lui raconter son passé. Nous apprenons que le père de Gingka, Ryo, était le premier propriétaire de la toupie Pegasus et que son adversaire principal était Ryuga. Ryuga vainc Ryo dans un duel entre Pegasus et la toupie interdite Lightning L-Drago...

Kenta a trouvé une lettre de Gingka: il doit quitter ses amis pour quelque temps, mais il ne peut pas leur dire pourquoi. Kenta est triste de sentir que Gingka ne se remet pas de sa défaite face à Ryuga dans le complexe de la Nébuleuse Noire, où sa toupie Pegasus a dû s'incliner devant la puissance extraordinaire de L-lightning Drago...

Le difficile et épuisant voyage à travers les montagnes continue. Mais bientôt, nos amis s’aperçoivent qu'ils tournent en rond et qu’Hyoma les a bernés. Fous de rage, ils obligent ce dernier à se dévoiler et finissent par l'affronter un par un lors de duels beyblade...

Le groupe arrive enfin au village de Koma mais Gingka n’est plus sur place. Ils rencontrent un chien parlant d’une grande sagesse nommé Hokuto, il est un vieil ami de Gingka. Hokuto leur annonce que Gingka est en train de faire l’ascension d’une montagne afin de trouver un parchemin caché dans un sanctuaire au sommet de la montagne. Gingka est déterminé à découvrir ce parchemin...

Gingka vient de rentrer de son expérience revigorante dans les montagnes. Gingka se rassemble avec ses amis dans le village de Koma. Accompagné d’Hyoma, il montre à ses amis les stadiums de beyblade où lui et Hyoma avaient l’habitude de jouer quand ils étaient enfants...

En travaillant sur les toupies de nos amis, Madoka découvre une faiblesse dans le Dark Bull de Benkei. Elle procède alors à quelques ajustements en intervertissant les pièces du Sagittario de Kenta et celles du Dark Bull de Benkei. La combinaison des différentes pièces donne aux deux toupies de nouveaux pouvoirs...

Le monde des bladers est en émoi : l'association mondiale de beyblade organise un concours exceptionnel : un combat de survie. Les bladers seront conduits sur une île déserte et une fois là-bas, tout leur sera permis pour remporter la victoire...

Le combat de survie continue et chacun se bat de toutes ses forces pour rester en lice. Kyoya et Hikaru combattent l’un contre l’autre mais ils sont interrompus pas d’autres bladers qui leur ont tendu une embuscade...

A la finale du combat de survie, les derniers participants en lice sont Kyoya, Gingka, Madoka et Yu. Lors du duel féroce entre Kyoya et Yu, le groupe découvre que la toupie de Kyoya a été endommagée au cours de son duel face à Hyoma...

Yu est récompensé d'avoir gagné le combat de survie : son voeu quel qu'il soit sera exaucé. Mais Doji arrive avec un message. Il va organiser une compétition de Beyblade au niveau national. Les bladers qui se qualifieront pourront se mesurer au champion Ryuga et à sa toupie L-Drago...

Les matchs de qualification font rage. Nos amis essaient à tout prix d'accumuler des points dans le but de participer à l'ultime bataille. En route pour un de ces fameux matchs, Gingka se fait attaquer par des voleurs de points. Un mystérieux blader arrive à sa rescousse...

Kyoya est frustré car ses adversaires ne représentent pas de vrais défis pour lui. Il bat ses adversaires les uns après les autres, et même parfois plusieurs à la fois. Il s’ennuie jusqu’à ce qu’il rencontre Tobio… aussi connu sous le nom de Capitaine Capri, qui est la terreur de la ville...

Doji et Yu sont à la recherche de bladers talentueux qui participeront à l’ultime bataille afin que Ryuga puisse absorber leur force. A leur étonnement, Tsubasa vainc leur blader au cours d’un tournoi mais ils ne trouvent aucun renseignement à son sujet...

Lors de l'inscription à un match de qualification, Kenta retrouve son vieil ami Hyoma dans la file d'attente. Hyoma et Kenta s'apprêtent à remporter le tournoi lorsque Yu arrive et défie Hyoma dans une bataille imprévue...

Watarigani déteste Gingka par-dessus tout mais jusqu'à présent, il a été incapable de le vaincre. Il se rend donc au complexe de la nébuleuse noire et supplie Doji de l'aider à augmenter ses pouvoirs. Ce dernier profite de cette demande pour tester une nouvelle machine à perfectionner les toupies...

Au cours d’un duel stimulant de l’Ultime Bataille, Kenta rencontre un courageux blader appelé Sora. Tout le monde est impressionné par son incroyable puissance et son agilité… jusqu’à ce qu’il perde le contrôle et perde le combat. Kenta rattrape ensuite Sora qui prétend être un apprenti de Gingka...

Gingka, Benkei, Kenta et Madoka se retrouvent tous à un tournoi beyblade où le vainqueur remportera 10.000 points. Alors qu’ils attendent que le tournoi commence, ils rencontrent un blader diseur de bonne aventure, Ryutaro...

Alors qu'une nouvelle journée de Beyblade démarre, le Blader DJ annonce quatre combats simultanés dans quatre 'stadiums' différents. Pendant que Kenta lutte pour repousser le duo de frères Dan et Reiki, Benkei le surveille oubliant de se concentrer sur son combat contre Tsubasa...

Il ne reste plus que six bladers en compétition dans un des derniers tournois de qualification. Les derniers en lice apprennent avec surprise qu'ils devront s'affronter dans une bataille royale, finale durant laquelle les six compétiteurs se combattront tous en même temps pour gagner 10.000 points Beyblade...

Madoka offre à Gingka un nouveau propulseur numérique qui calcule la puissance de propulsion de sa toupie en entraînement et ses points gagnés au cours de duel. Lorsque Tetsuya se déguise et le trompe pour qu’il lui donne son propulseur et tente de s’enfuir avec...

Après avoir perdu tous ses points au cours d’un combat face à Phoenix, Gingka est déterminé à gagner le moindre duel pour pouvoir participer à l’Ultime Bataille et vaincre Ryuga. Il affronte Teru, un blader qui était un danseur talentueux forcé d’arrêter la danse après un accident. Teru raconte à Gingka qu’alors qu’il était alité, il a vu à la télévision un combat auquel Gingka et Pegasus participaient. Ils l’ont inspiré à devenir lui-même un blader, jouant avec sa toupie ballerine, Virgo...

Ryuga réapparaît et participe à des tournois de qualification qu'il remporte haut la main. Tsubasa est intrigué par le pouvoir de L-Drago et s'introduit dans le complexe de la Nébuleuse Noire à la recherche d'informations sur la Toupie Interdite...

Lors d'un violent combat entre Tsubasa et Ryuga, Tsubasa est quasiment vaincu jusqu'à ce que le Mystérieux Phoenix ne vole à son secours en mettant fin à la bataille et en aidant Tsubasa à s'échapper...

Kenta arrive dans ce qui semble être une ville fantôme, mais il rencontre des Bladers qui vivent encore là même si une bande dirigée par Busujima a pris le contrôle du stadium local. Kenta retrouve aussi son vieil ami Sora qui est venu là pour combattre ce gang et faire que le stadium redevienne à l’usage de tous...

Alors que les membres du groupe célèbrent leur qualification pour l’Ultime Bataille, Gingka leur avoue qu’il n’a pas récolté suffisamment de points pour y participer. Ses amis lui proposent de le combattre mais il refuse parce qu’il ne veut pas que ses amis risquent leurs points...

Phoenix affronte à nouveau Gingka. Ce dernier arrive à associer tous les pouvoirs de ses amis pour multiplier le sien et vaincre enfin Phoenix. Il gagne ainsi assez de points pour participer à l’ultime bataille...

L’Ultime Bataille est sur le point de commencer ! Gingka et ses amis sont de la partie. Ils découvrent que Doji est le responsable de cet évènement. Ils se rendent également compte que les duels de la première partie ont été formés à l’avantage de Doji. Peu importe, Benkei est face à Captain Capri, Kenta est contre Tetsuya...

Kyoya et Tsubasa gagnent tous deux leurs premiers combats de l’Ultime Bataille, et c’est maintenant au tour de Hyoma. Il doit affronter Reiji, un blader inconnu membre de la Nébuleuse Noire. Sa toupie Poison Serpent ne semble pas avoir une grande puissance d’attaque mais Hyoma réalise bien trop tard qu’à chaque coup Poison Serpent à instiller du venin dans Aries ce qui a énormément affaibli ses défenses...

Les duels entre les adversaires de la deuxième partie sont décidés. Le groupe d’amis s’inquiète de l’état de santé d’Hikaru qui a été violemment vaincue par Ryuga au cours du premier tour...

Le deuxième tour de l'ultime bataille commence. Les concurrents apprennent que Doji a échangé les adversaires. Benkei doit combattre Kyoya. Lui et Dark Bull ont fait des progrès, la victoire de Benkei n'est pas impossible...

C’est à présent au tour de Kenta de se battre, il doit affronter Reiji et il brûle de le vaincre pour venger Yu, sauvagement battu par les membres de la Nébuleuse noire...

Tsubasa se prépare pour son combat contre Ryuga et sa toupie Lightning L-Drago. Tsubasa a un plan pour vaincre le coup spécial obscur de Ryuga. Son plan parait efficace car Earth Eagle et lui prenne l’avantage dès le début du combat...

La demi-finale de l’Ultime Bataille est excitante. Gingka affronte un adversaire terrifiant, Reiji. Entre-temps, Yu est tenu prisonnier par Doji; il doit payer sa dette envers la Nébuleuse Noire. Hyoma et Kenta voient Doji emmener Yu et décident de ne rien dire à Gingka, étant donné qu’il est dans un duel important. Ils se rendent eux-mêmes au complexe de la Nébuleuse Noire pour sauver Yu...

Tandis que la bataille fait rage au quartier général de la nébuleuse noire, Gingka prend définitivement l'avantage sur Reiji et la fin approche... Pendant ce temps, à la nébuleuse noire, Phoenix et son Burn Fireblaze écrasent Doji et son Dark Wolf...

Nos amis découvrent que Phoenix est Ryo, le père de Gingka, que l’on croyait mort. Ryo raconte à l’équipe l’origine des toupies : une météorite diabolique a donné naissance à la ténébreuse L Drago. Ryo compte à présent sur Gingka et ses amis pour vaincre Ryuga et son pouvoir des ténèbres...

Kyoya doit affronter Ryuga dans une demi-finale acharnée qui déterminera qui rencontrera Gingka en finale. Kyoya provoque Ryuga en lui disant qu’il n’est pas capable de faire face à ses adversaires tout seul et qu’il n’y arrive qu’en volant le pouvoir et la force d’autres bladers. Ryuga accepte alors de combattre Kyoya dans un duel de toupies où tous les coups sont permis...

Le groupe d’amis est encore tourmenté par la victoire dévastatrice de Ryuga face à Kyoya ; leur ami est faible et inconscient. Ryuga dit à Gingka que c’est sa faute si ses amis souffrent quand ils l’affrontent parce que Ryuga les utilise pour gagner assez de puissance pour arriver à vaincre Gingka. Gingka se rend compte qu’il va devoir se battre rudement face à Ryuga s’il veut préserver ses amis...

Gingka est impliqué dans une bataille, non contre Ryuga mais contre une version mutante de ce dernier, une créature hideuse. Gingka refuse de reculer et, avec Pegasus, il lutte de toutes ses forces contre ce Ryuga des ténèbres et sa toupie L-Drago...